Manajemen Pelaksana sebagai unit yang melaksanakan Program Prakerja dan berada di bawah Kementerian Koordinator Bidang Perekonomian Republik Indonesia yang akan melaksanakan operasional Prakerja. Semua kebijakan Prakerja dirumuskan oleh Komite Cipta Kerja yang diketuai oleh Menteri Koordinator Bidang Perekonomian dan Kepala Staf Kepresiden sebagai Wakil Ketua, terdiri dari 12 (dua belas) menteri dan kepala lembaga sebagai anggota dan Sekretaris Kementerian Koordinator Bidang Perekonomian sebagai Sekretaris Komite.